Этот тест имеет ограниченное применение, но иногда позволяет установить родственные отношения тогда, когда другие виды анализов дают неопределенный результат. Он пригоден только в случаях, когда ребёнок девочка (девочки получают X-хромосому от отца), предполагаемый отец не доступен для анализа, но есть его биологическая мать или сестра по отцу. В отличие от других тестов на родство (сиблинговый, авункулярный, бабушка-внучка) анализ Х-хромосомы позволяет исключить родство. При не исключении родства рассчитывается вероятность и индекс родства. Для анализа необходимы образцы ребёнка (девочки) и ее родственника женского пола по отцовской линии.

Точность исследования значительно возрастает при дополнительном участии биологической матери ребёнка и мужских сиблингов предполагаемого отца по материнской линии.